ScholarGate
Avustaja
Process / pipelineBioinformatics / omics

Aikasarjojen varianttien kutsuminen — pitkittäinen somaattisten mutaatioiden tunnistus

Aikasarjojen varianttien kutsuminen on bioinformatiikan putki, joka tunnistaa ja seuraa genomin variantteja — tyypillisesti somaattisia mutaatioita — useista samalta koehenkilöltä eri ajankohtina kerätyistä sekvensointinäytteistä. Sitä käytetään laajimmin syöpägenomiikassa kasvaimen evoluution rekonstruoimiseen, minimaalisen jäännös-taudin monitorointiin ja hoitoresistenttien kloonien ilmaantumisen tunnistamiseen. Mallintamalla yhdessä varianttien alleelifrekvenssejä ajallisessa ulottuvuudessa menetelmä erottaa todelliset somaattiset muutokset sekvensointikohinasta ja arvioi kloonidynamiikkaa ajan mittaan.

Avaa sovelluksessa MethodMindTulossaVideoTulossaLataa diat

Lue koko menetelmä

Vain jäsenille

Kirjaudu sisään maksuttomalla tilillä lukeaksesi tämän osion.

Kirjaudu sisään

Menetelmäkartta

Lähimenetelmien naapurusto — valitse solmu tutkiaksesi.

Aikasarjojen varianttien kutsuminen
RNA-seq-differentiaaliek…

Lähteet

  1. Nik-Zainal, S., et al. (2012). The life history of 21 breast cancers. Cell, 149(5), 994–1007. link ↗
  2. McMahon, M., et al. (2021). Benchmarking algorithms for clonal evolution analysis using multi-region and longitudinal tumour sequencing data. Briefings in Bioinformatics, 22(3), bbaa163. link ↗

Näin viittaat tähän sivuun

ScholarGate. (2026, June 3). Time-series Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fi/bioinformatics/time-series-variant-calling

Mikä menetelmä?

Aseta tämä menetelmä lähimpien sukulaistensa rinnalle ja lue niitä yhdessä — kirjasto asettaa teokset pöydälle; valinta on sinun.

Vertaa rinnakkain →

Huomasitko virheen tällä sivulla? Ilmoita siitä tai ehdota korjausta →

ScholarGate — Time-series variant calling (Time-series Variant Calling). Haettu 2026-06-15 osoitteesta https://scholargate.app/fi/bioinformatics/time-series-variant-calling · Aineisto: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026