Bioinformatika

112 — metódy v tejto rodine.

Vybrané

Analýza prímesíAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, Stephe Rekonštrukcia ancestrálnych stavovAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns of Analýza ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and c ChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Koalescenčná teóriaCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John Kingma Analýza variácií počtu kópiíCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Postup čítania

Najčastejšie citované základné metódy tejto témy, v poradí, v akom vznikali — miesto, kde začať, ak ste tu noví.

Analýza variácií počtu kópií1998–2006od Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
Analýza obohatenia signálnych dráh2003–2005od Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
Analýza obohatenia genových súborov (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)od Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
Genómová asociačná štúdia (GWAS)2005–2007od Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
Epigenóm-široká asociačná štúdia (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)od Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
Analýza diferenciálnej expresie RNA-seq2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)od Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
Analýza jednobunkovej RNA-sekvenčnej analýzy2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016od Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
Variant Calling2009–2010 (modern high-throughput era)od Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)

všetky metódy na tejto polici ↓

Všetky metódy 112

Analýza prímesí Rekonštrukcia ancestrálnych stavov Analýza ATAC-seq ChIP-seq Peak Calling Koalescenčná teória Analýza variácií počtu kópií Analýza CRISPR skríningu Rekonštrukcia pomocou kryo-EM De Novo zostavenie transkriptómu Diferenciálne volanie vrcholkov v ChIP-seq Analýza diferenciálnych zmien počtu kópií Diferenciálna epigenómová asociatívna štúdia Diferenciálna analýza eQTL Diferenciálna metabolomická analýza Diferenciálna analýza obohatenia dráh Diferenciálna proteomická analýza Diferenciálna analýza jednobunkovej RNA-seq Diferenciálne volanie variantov Epigenóm-široká asociačná štúdia (EWAS)Epigenóm-široká asociačná štúdia vo výskume vzdelávania eQTL analýza F-štatistiky (FST)GCTA Analýza obohatenia genových súborov (GSEA)Genómová asociačná štúdia (GWAS)Genómová asociačná štúdia vo vzdelávacom výskume Analýza Hi-C Test HKA Vyhľadávanie pomocou HMMER profilov Homologické modelovanie Mapovanie IBD Analýza LD blokov Volanie vrhcolov ChIP-seq s asistenciou strojového učenia Analýza variácií počtu kópií asistovaná strojovým učením Epigenomická asociačná štúdia (EWAS) asistovaná ML (ML-EWAS)Analýza eQTL s asistenciou strojového učenia Analýza obohacenia génových súborov asistovaná strojovým učením Strojové učenie asistované GWAS Analýza metabolomiky s asistenciou strojového učenia Strojové učenie asistovaná analýza diverzity mikrobiómu Analýza obohacovania dráh asistovaná strojovým učením Strojové učenie asistovaná fylogenetická analýza Diferenciálna expresná analýza RNA-seq s podporou strojového učenia Strojové učenie asistované zarovnávanie sekvencií Analýza jednobunkovej RNA-sekvencie s asistenciou strojového učenia Detekcia genómových variantov pomocou strojového učenia McDonald-Kreitmanov test Analýza metabolomiky Metagenomické triedenie Molekulárne dokovanie Multiomická epigenómovo-široká asociačná štúdia Multi-omické eQTL mapovanie Analýza obohatenia génových množín vo viacnásobných omických dátach Multi-omics metabolomics analysis Multiomická analýza diverzity mikrobiómu Analýza obohatenia multi-omických dráh Fylogenomická analýza s využitím viacerých 'omických' vrstiev Analýza multi-omických proteomických dát Viacnásobná analýza expresie génov RNA-seq Analýza multi-omických jednobunkových RNA-seq Sieťová analýza variácií počtu kópií Sieťovo orientovaná epigenómová asociačná štúdia (Network EWAS)Sieťovo orientovaná analýza eQTL Sieťovo-založená GWAS Sieťová metabolomická analýza Sieťová analýza diverzity mikrobiómu Sieťová analýza obohatenia dráh Sieťovo orientovaná fylogenetická analýza Sieťovo orientovaná analýza diferenciálnej expresie RNA-seq Sieťová analýza jednotlivých bunkových RNA-sekvenčných dát Sieťové volanie variantov Analýza obohatenia signálnych dráh Farmakoforové modelovanie Fylogenetická analýza Fylogenetické nezávislé kontrasty Polygénny rizikový skóre Topológia sietí proteín-proteínových interakcií Analýza proteómov QSAR Mapovanie QTL Rýchlosť RNA Analýza diferenciálnej expresie RNA-seq Selection Sweep (Tajima's D)Zarovnávanie sekvencií Volanie pík v rámci profilovania epigenómu scChIP-seq Analýza variácií počtu kópií v jednotlivých bunkách Asociatívna štúdia epigenómu v jedinej bunke (scEWAS)Analýza eQTL jednobunkových dát Jednodimenzionálna analýza obohatenia génových súborov Single-cell GWAS Analýza metabolomiky jednotlivých buniek Analýza diverzity mikrobiómu na úrovni jednotlivých buniek Analýza fylogenézy jednobunkových organizmov Analýza jednobunkovej RNA-sekvenčnej analýzy Diferenciálna expresná analýza jednobunkovej RNA-seq Zarovnávanie sekvencií z jednotlivých buniek Jednobunkové volanie variantov Volanie pík ChIP-seq časových radov Analýza časových radov zmien počtu kópií Časovo-sériové epigenómové asociačné štúdie Analýza eQTL časových radov Analýza obohatenia génových súborov v časových radoch Analýza časových radov metabolomiky Analýza diverzity mikrobiómu časových radov Obohatenie dráh časových radov Časovo-sériová fylogenetická analýza Analýza proteomiky v časových radoch Diferenciálna expresia časových radov RNA-seq Analýza časových radov jednobunkovej RNA-sekvenčnej expresie Volanie variantov časových radov Test disequilibrium prenosu (TDT)Variant Calling

Viac v skupine Spracovanie signálov a vedecké výpočty

Signály a numerické metódy 48