Analýza obohatenia génových súborov v časových radoch — dynamické obohatenie dráh v priebehu časových bodov
Analýza obohatenia génových súborov v časových radoch (TS-GSEA) rozširuje klasický rámec GSEA na detekciu biologicky koordinovaných génových súborov — dráh, termínov génovej ontológie alebo kurátorovaných signatúr — ktorých kolektívna expresia sa zmysluplne mení v priebehu času. Namiesto porovnávania dvoch časových bodov modeluje celú časovú trajektóriu expresie génov, aby identifikovala, ktoré funkčné programy sú aktivované, potlačené alebo dynamicky remodelované počas biologického procesu, ako je vývoj, odpoveď na liečbu alebo progresia ochorenia.
Prečítať celú metódu
Ak si chcete prečítať túto sekciu, prihláste sa s bezplatným účtom.
Mapa metód
Okolie príbuzných metód — vyberte uzol na preskúmanie.
Zdroje
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Ako citovať túto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/sk/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Ktorá metóda?
Postavte túto metódu vedľa jej najbližších príbuzných a čítajte ich vedľa seba — knižnica vám knihy položí na stôl; voľba je na vás.
- Analýza obohatenia genových súborov (GSEA)Bioinformatika↔ porovnať
- Analýza obohatenia génových množín vo viacnásobných omických dátachBioinformatika↔ porovnať
- Analýza obohatenia signálnych dráhBioinformatika↔ porovnať
- Analýza diferenciálnej expresie RNA-seqBioinformatika↔ porovnať
- Analýza jednobunkovej RNA-sekvenčnej analýzyBioinformatika↔ porovnať
- Diferenciálna expresia časových radov RNA-seqBioinformatika↔ porovnať
Similar methods
Našli ste na tejto stránke chybu? Nahláste ju alebo navrhnite opravu →