Vyhľadávanie pomocou HMMER profilov
Vyhľadávanie pomocou HMMER profilov identifikuje vzdialené homológne sekvencie proteínov pomocou pravdepodobnostných modelov proteínových rodín, známych ako profilové skryté Markovove modely (HMM). Táto metóda, vyvinutá Eddym a jeho kolegami, zachytáva vzory variácií sekvencií v rámci proteínových rodín a deteguje homológne sekvencie s oveľa vyššou citlivosťou ako matice váhových pozícií alebo párové zarovnanie.
Prečítať celú metódu
Ak si chcete prečítať túto sekciu, prihláste sa s bezplatným účtom.
Mapa metód
Okolie príbuzných metód — vyberte uzol na preskúmanie.
Zdroje
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
Ako citovať túto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/sk/bioinformatics/hmmer-profile-search
Ktorá metóda?
Postavte túto metódu vedľa jej najbližších príbuzných a čítajte ich vedľa seba — knižnica vám knihy položí na stôl; voľba je na vás.
- Rekonštrukcia pomocou kryo-EMBioinformatika↔ porovnať
- Metagenomické triedenieBioinformatika↔ porovnať
- Molekulárne dokovanieBioinformatika↔ porovnať
Odkazujú sem
Similar methods
Našli ste na tejto stránke chybu? Nahláste ju alebo navrhnite opravu →