De Novo zostavenie transkriptómu
De novo zostavenie transkriptómu rekonštruuje sekvencie messenger RNA v plnej dĺžke priamo zo sekvenačných čítaní bez potreby referenčného genómu. Táto metóda, ktorej priekopníkmi boli Regev, Haas a kolegovia, umožňuje objavovanie transkriptov v nemodelových organizmoch a detekciu nových izoforiem, fúznych génov a variantov zostrihu.
Prečítať celú metódu
Ak si chcete prečítať túto sekciu, prihláste sa s bezplatným účtom.
Mapa metód
Okolie príbuzných metód — vyberte uzol na preskúmanie.
Zdroje
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Ako citovať túto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/sk/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Ktorá metóda?
Postavte túto metódu vedľa jej najbližších príbuzných a čítajte ich vedľa seba — knižnica vám knihy položí na stôl; voľba je na vás.
- Analýza CRISPR skríninguBioinformatika↔ porovnať
- Vyhľadávanie pomocou HMMER profilovBioinformatika↔ porovnať
- Metagenomické triedenieBioinformatika↔ porovnať
Odkazujú sem
Našli ste na tejto stránke chybu? Nahláste ju alebo navrhnite opravu →