Metagenomické triedenie
Metagenomické triedenie (metagenomic binning) rozdeľuje zmontované úseky (contigs) zo zložitých mikrobiálnych komunít do odlišných genómových zhlukov (genome bins), pričom každý z nich reprezentuje individuálny organizmus alebo kmeň. Tento postup, ktorý iniciovala skupina Banfield a kolegovia, izoluje genómy jednotlivých organizmov (metagenómom zostavené genómy alebo MAGs) z environmentálnych vzoriek bez potreby kultivácie izolátov.
Prečítať celú metódu
Ak si chcete prečítať túto sekciu, prihláste sa s bezplatným účtom.
Mapa metód
Okolie príbuzných metód — vyberte uzol na preskúmanie.
Zdroje
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Ako citovať túto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/sk/bioinformatics/metagenomic-binning
Ktorá metóda?
Postavte túto metódu vedľa jej najbližších príbuzných a čítajte ich vedľa seba — knižnica vám knihy položí na stôl; voľba je na vás.
- Analýza CRISPR skríninguBioinformatika↔ porovnať
- De Novo zostavenie transkriptómuBioinformatika↔ porovnať
- Vyhľadávanie pomocou HMMER profilovBioinformatika↔ porovnať
Odkazujú sem
Similar methods
Našli ste na tejto stránke chybu? Nahláste ju alebo navrhnite opravu →