Zarovnávanie sekvencií z jednotlivých buniek — mapovanie čítaní scRNA-seq
Zarovnávanie sekvencií z jednotlivých buniek je výpočtový krok, ktorý mapuje milióny krátkych sekvenčných čítaní (reads) produkovaných experimentmi RNA-seq z jednotlivých buniek späť na referentný genóm alebo transkriptóm. Na rozdiel od zarovnávania z hromadnej RNA-seq, každé čítanie nesie bunkový bar kód (cell barcode) a unikátny molekulárny identifikátor (UMI), ktoré spolu identifikujú pôvodnú bunku a jednotlivú RNA molekulu. Presné zarovnávanie a demultiplexovanie bar kódov sú predpokladmi na konštrukciu matice počtov génov podľa buniek (cell-by-gene count matrix), ktorá riadi všetky následné analýzy jednotlivých buniek.
Prečítať celú metódu
Ak si chcete prečítať túto sekciu, prihláste sa s bezplatným účtom.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Zdroje
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Ako citovať túto stránku
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/sk/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analýza diferenciálnej expresie RNA-seqBioinformatika↔ compare
Odkazujú sem
Našli ste na tejto stránke chybu? Nahláste ju alebo navrhnite opravu →