ScholarGate
Asistent

Bioinformatika

112 metoda u ovoj obitelji.

Izdvojeno

Analiza primjesaAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheRekonstrukcija predaka stanjaAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofAnaliza ATAC-sekvenciranjaATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cPozivanje vrhunaca ChIP-seqChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Koalescentna teorijaCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaAnaliza varijacija broja kopijaCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Put čitanja

Najreferentnije temeljne metode ove teme, poredane redoslijedom njihova razvoja — polazište ako ste ovdje novi.

  1. Analiza varijacija broja kopija1998–2006autor: Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Analiza obogaćenosti putanjâ2003–2005autor: Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Analiza obogaćenja genskih skupova (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)autor: Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Studija asocijacije na razini cijelog genoma (GWAS)2005–2007autor: Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Analiza povezanosti na razini epigenoma (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)autor: Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. RNA-seq diferencijalna ekspresija2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)autor: Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Analiza RNA-sekvencije pojedinačnih stanica2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016autor: Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Pozivanje varijanti2009–2010 (modern high-throughput era)autor: Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
sve metode na ovoj polici ↓

Sve metode 112

Analiza primjesaRekonstrukcija predaka stanjaAnaliza ATAC-sekvenciranjaPozivanje vrhunaca ChIP-seqKoalescentna teorijaAnaliza varijacija broja kopijaAnaliza CRISPR zaslonaRekonstrukcija u krio-elektronskoj mikroskopijiDe Novo Transcriptome AssemblyDiferencijalno pozivanje ChIP-seq vrhovaAnaliza razlike u broju kopija genaDiferencijalna studija povezanosti epigenoma (Differential EWAS)Diferencijalna analiza eQTLDiferencijalna metabolomska analizaDiferencijalna analiza obogaćenja putovaDiferencijalna proteomska analizaDiferencijalna analiza jedne stanice RNA-seqDiferencijalno pozivanje varijantiAnaliza povezanosti na razini epigenoma (EWAS)Studija asocijacije na razini epigenoma u obrazovnim istraživanjimaAnaliza eQTLF-statistike (FST)GCTAAnaliza obogaćenja genskih skupova (GSEA)Studija asocijacije na razini cijelog genoma (GWAS)Genomsko-asocijativno istraživanje u obrazovnim istraživanjimaAnaliza Hi-CHKA testPretraga HMMER profilaHomologno modeliranjeIBD mapiranjeAnaliza LD blokovaPozivanje vrhunaca pomoću potpomognutog strojnog učenja za ChIP-seqAnaliza varijacija broja kopija uz pomoć strojnog učenjaStudija udruženosti epigenoma potpomognuta strojnim učenjem (ML-EWAS)Analiza eQTL-a potpomognuta strojnim učenjemAnaliza obogaćenja skupova gena potpomognuta strojnim učenjemML-GWAS potpomognut strojnim učenjemAnaliza metabolomskih podataka potpomognuta strojnim učenjemAnaliza raznolikosti mikrobioma potpomognuta strojnim učenjemAnaliza obogaćenja putova uz pomoć strojnog učenjaFilogenetska analiza potpomognuta strojnim učenjemDiferencijalna analiza ekspresije RNA-seq potpomognuta strojnim učenjemPoravnavanje sekvenci potpomognuto strojnim učenjemMachine learning-assisted single-cell RNA-seq analysisStrojno učenje-potpomognuto pozivanje varijantiMcDonald-Kreitmanov testAnaliza metabolomikeMetagenomsko grupisanjeMolekularno spajanjeMulti-Omics Epigenome-Wide Association StudyVišestruka omika eQTL analizaMulti-omski obogaćujuća analiza genskih skupovaAnaliza višestrukih omikaVišeslojna analiza raznolikosti mikrobiomaVišeslojna analiza obogaćenosti putanjâVišeslojna filogenetska analizaVišestruko-omsko proteomska analizaAnaliza diferencijalne ekspresije iz multi-omike RNA-seqMulti-omics single-cell RNA-seq analysisMrežna analiza varijacija broja kopijaMrežna studija udruživanja na razini epigenoma (Network EWAS)Mrežna analiza eQTLMrežna GWAMrežna analiza metabolomaAnaliza raznolikosti mikrobioma temeljena na mrežamaMrežna analiza obogaćivanja putovaMrežna filogenetska analizaMrežna analiza diferencijalne ekspresije RNA-seqMrežna analiza jediničnih stanica RNA-seqMrežno pozivanje varijantiAnaliza obogaćenosti putanjâFarmakoforna modeliranjaFilogenetička analizaFilogenetski neovisni kontrastiPoligenska ocjena rizikaTopologija mreže PPIAnaliza proteomaQSARMapiranje kvantitativnih lokusa (QTL)RNA VelocityRNA-seq diferencijalna ekspresijaSweep selekcije (Tajima's D)Poravnavanje sekvenciPozivanje vrhunaca kod jednaničnih stanica ChIP-seqAnaliza varijacija broja kopija u jedniničnim stanicamaStudija udruživanja epigenoma na pojedinačnim stanicama (scEWAS)Analiza eQTL-a pojedinačnih stanicaJednoćelijska analiza obogaćenosti genskih skupovaJednoćelijska GWASAnaliza metabolomike pojedinačnih stanicaAnaliza raznolikosti mikrobioma na razini pojedinačnih stanicaJednoćelijska filogenetska analizaAnaliza RNA-sekvencije pojedinačnih stanicaAnaliza diferencijalne ekspresije u jediničnim stanicama (scRNA-seq DE)Poravnavanje jednoscaničnih zapisaJednoćelijsko pozivanje varijantiAnaliza poziva vrhunaca ChIP-seq vremenskih nizovaAnaliza vremenskih serija varijacija broja kopijaTime-series Epigenome-wide Association StudyVremenska eQTL analizaAnaliza obogaćenosti genskih skupova u vremenskim serijamaAnaliza vremenskih serija metabolomikeAnaliza raznolikosti mikrobioma u vremenskim nizovimaAnaliza obogaćivanja vremenskih nizova putovaVremenska filogenetska analizaAnaliza proteoma u vremenskom slijeduVremensko-sekvencijalna RNA-seq diferencijalna ekspresijaAnaliza vremenskih nizova jednostanične RNA-seqVremensko pozivanje varijantiTest prijenosne neravnotežePozivanje varijanti

Više u Signalno i znanstveno računarstvo

Signali i numerika 48