Jednoćelijska analiza obogaćenosti genskih skupova — scGSEA
Jednoćelijska analiza obogaćenosti genskih skupova (scGSEA) proširuje klasičnu GSEA za masovne uzorke na rezoluciju pojedinačnih stanica. Umjesto testiranja je li genski skup obogaćen u usporedbi na razini uzorka, scGSEA dodjeljuje rezultat obogaćenosti ili aktivnosti svakoj stanici, omogućujući istraživačima mapiranje aktivnosti putova (pathway) diljem heterogenih populacija stanica, staničnih stanja i razvojnih putanja uhvaćenih u podacima RNA-sekvenciranja pojedinačnih stanica.
Pročitajte cijelu metodu
Prijavite se besplatnim računom kako biste pročitali ovaj odjeljak.
Karta metoda
Okruženje srodnih metoda — odaberite čvor za istraživanje.
Izvori
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/hr/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Koja metoda?
Postavite ovu metodu uz njoj najsrodnije i pročitajte ih jednu uz drugu — knjižnica vam knjige stavlja na stol; izbor je na vama.
- Analiza obogaćenja genskih skupova (GSEA)Bioinformatika↔ usporedi
- Analiza obogaćenosti putanjâBioinformatika↔ usporedi
- RNA-seq diferencijalna ekspresijaBioinformatika↔ usporedi
- Analiza RNA-sekvencije pojedinačnih stanicaBioinformatika↔ usporedi
- Analiza diferencijalne ekspresije u jediničnim stanicama (scRNA-seq DE)Bioinformatika↔ usporedi
Citirana u
Similar methods
Uočili ste pogrešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravak →