De Novo Transcriptome Assembly
De novo sklapanje transkriptoma rekonstruira cjelovite sekvence glasničke RNA izravno iz nizova sekvenciranja bez potrebe za referentnim genomom. Pokrenut od strane Regeva, Haasa i suradnika, ovaj postupak omogućuje otkrivanje transkripata u nemodelnim organizmima te detekciju novih izoforma, fuzijskih gena i varijanti spajanja.
Pročitajte cijelu metodu
Prijavite se besplatnim računom kako biste pročitali ovaj odjeljak.
Karta metoda
Okruženje srodnih metoda — odaberite čvor za istraživanje.
Izvori
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/hr/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Koja metoda?
Postavite ovu metodu uz njoj najsrodnije i pročitajte ih jednu uz drugu — knjižnica vam knjige stavlja na stol; izbor je na vama.
- Analiza CRISPR zaslonaBioinformatika↔ usporedi
- Pretraga HMMER profilaBioinformatika↔ usporedi
- Metagenomsko grupisanjeBioinformatika↔ usporedi
Citirana u
Uočili ste pogrešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravak →