Mrežno pozivanje varijanti — Genotipizacija na grafu genoma
Mrežno (graf-genomsko) pozivanje varijanti zamjenjuje uobičajeni pojedinačni linearni referentni genom grafom varijanti — mrežom u kojoj čvorovi predstavljaju segmente sekvence, a bridovi poznate alternativne putove kroz genom. Očitavanja se mapiraju na ovaj graf, omogućujući detekciju SNP-ova, indela i strukturnih varijanti sa znatno nižom referentnom pristranošću nego kod cjevovoda s linearnom referencom. Ključni alati uključuju Variation Graph Toolkit (vg) i Graphtyper.
Pročitajte cijelu metodu
Prijavite se besplatnim računom kako biste pročitali ovaj odjeljak.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Izvori
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/hr/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Bayesian Variant CallingBioinformatika↔ compare
- Analiza varijacija broja kopijaBioinformatika↔ compare
- Studija asocijacije na razini cijelog genoma (GWAS)Bioinformatika↔ compare
- RNA-seq diferencijalna ekspresijaBioinformatika↔ compare
- Poravnavanje sekvenciBioinformatika↔ compare
- Pozivanje varijantiBioinformatika↔ compare
Uočili ste pogrešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravak →