Poravnavanje jednoscaničnih zapisa — mapiranje čitanja scRNA-seq
Poravnavanje jednoscaničnih zapisa (engl. single-cell sequence alignment) je računalni korak koji milijune kratkih zapisa sekvenciranja proizvedenih eksperimentima jednoscanične RNA-seq (scRNA-seq) mapira natrag na referentni genom ili transkriptom. Za razliku od poravnavanja skupne RNA-seq (engl. bulk RNA-seq), svaki zapis nosi stanični bar kod (engl. cell barcode) i jedinstveni molekularni identifikator (engl. Unique Molecular Identifier, UMI) koji zajedno identificiraju izvornu stanicu i pojedinačnu molekulu RNA. Točno poravnavanje i demultipleksiranje bar kodova preduvjeti su za konstruiranje matriksa brojanja stanica prema genu (engl. cell-by-gene count matrix) koji pokreće sve analize jednoscaničnih podataka nizvodno.
Pročitajte cijelu metodu
Prijavite se besplatnim računom kako biste pročitali ovaj odjeljak.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Izvori
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/hr/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq diferencijalna ekspresijaBioinformatika↔ compare
Citirana u
Uočili ste pogrešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravak →