Metagenomsko grupisanje
Metagenomsko grupisanje (metagenomic binning) dijeli sastavljene (assembled) fragmente (contigs) iz složenih mikrobijskih zajednica u zasebne grupe genoma (genome bins), od kojih svaka predstavlja pojedinačni organizam ili soj. Ovaj postupak, koji su pionirski razvili Banfield i suradnici, izolira genome pojedinačnih organizama (metagenomski sastavljeni genomi ili MAGs) iz okolišnih uzoraka bez potrebe za kultiviranim izolatima.
Pročitajte cijelu metodu
Prijavite se besplatnim računom kako biste pročitali ovaj odjeljak.
Karta metoda
Okruženje srodnih metoda — odaberite čvor za istraživanje.
Izvori
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/hr/bioinformatics/metagenomic-binning
Koja metoda?
Postavite ovu metodu uz njoj najsrodnije i pročitajte ih jednu uz drugu — knjižnica vam knjige stavlja na stol; izbor je na vama.
- Analiza CRISPR zaslonaBioinformatika↔ usporedi
- De Novo Transcriptome AssemblyBioinformatika↔ usporedi
- Pretraga HMMER profilaBioinformatika↔ usporedi
Citirana u
Uočili ste pogrešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravak →