ScholarGate
Trợ lý

Tin sinh học

112 phương pháp trong họ này.

Nổi bật

Phân tích Hỗn hợpAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheTái tạo trạng thái tổ tiênAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofPhân tích ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cGọi đỉnh ChIP-seqChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based Lý thuyết CoalescentCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaPhân tích Biến thể Số lượng Bản saoCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Lộ trình đọc

Những phương pháp nền tảng được tham chiếu nhiều nhất của chủ đề này, theo thứ tự chúng được phát triển — một nơi để bắt đầu nếu bạn còn mới ở đây.

  1. Phân tích Biến thể Số lượng Bản sao1998–2006bởi Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Phân tích làm giàu đường dẫn2003–2005bởi Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Phân tích làm giàu tập hợp gen (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)bởi Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen (GWAS)2005–2007bởi Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Epigenome-wide association study2008–2011 (term and framework established c. 2011)bởi Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. Phân tích biểu hiện gen khác biệt RNA-seq2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)bởi Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Phân tích RNA-seq đơn bào2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016bởi Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Variant Calling2009–2010 (modern high-throughput era)bởi Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
tất cả phương pháp trên kệ này ↓

Tất cả phương pháp 112

Phân tích Hỗn hợpTái tạo trạng thái tổ tiênPhân tích ATAC-seqGọi đỉnh ChIP-seqLý thuyết CoalescentPhân tích Biến thể Số lượng Bản saoPhân tích sàng lọc CRISPRTái tạo cấu trúc bằng kính hiển vi điện tử lạnhLắp ráp transcriptome de novoPhân tích đỉnh ChIP-seq vi saiDifferential Copy Number Variation AnalysisNghiên cứu Liên kết Toàn bộ Hệ Gen Biểu Sinh Vi SaiPhân tích eQTL vi saiPhân tích Chuyển hóa Vi saiPhân tích làm giàu đường dẫn khác biệtPhân tích Proteomics Vi saiPhân tích Biến thiên Transcriptomic Đơn Bào RNA-seqGọi biến thể vi saiEpigenome-wide association studyNghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen biểu sinh trong nghiên cứu giáo dụcPhân tích eQTLThống kê F (FST)GCTAPhân tích làm giàu tập hợp gen (GSEA)Nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen (GWAS)Nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen trong nghiên cứu giáo dụcPhân tích Hi-CBài kiểm tra HKATìm kiếm Hồ sơ HMMERMô hình hóa tương đồngBản đồ IBDPhân tích Khối LDGọi đỉnh hỗ trợ học máy cho ChIP-seqPhân tích biến thể số lượng bản sao (CNV) có hỗ trợ Học máyNghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen về biểu sinh có hỗ trợ học máy (ML-EWAS)Phân tích eQTL hỗ trợ Học máyPhân tích làm giàu tập hợp gen có hỗ trợ học máyGWAS hỗ trợ bởi Học máyPhân tích chuyển hóa hỗ trợ bởi học máyPhân tích Đa dạng Hệ Vi sinh Vật được Hỗ trợ bởi Học MáyPhân tích làm giàu đường dẫn hỗ trợ bởi Học máyPhân tích phát sinh loài có hỗ trợ học máyPhân tích biểu hiện gen khác biệt RNA-seq có hỗ trợ học máyCăn chỉnh trình tự được hỗ trợ bởi học máyPhân tích dữ liệu RNA đơn bào (scRNA-seq) hỗ trợ bởi Học máyGọi biến thể có hỗ trợ Học máyMcDonald-Kreitman TestPhân tích Chuyển hóaPhân loại MetagenomeChụp phân tửNghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gene biểu sinh đa omicsPhân tích eQTL đa omicsPhân tích làm giàu tập hợp gen đa omicsPhân tích Đa Omics Hệ Chuyển hóaPhân tích đa dạng hệ vi sinh vật đa omicsPhân tích làm giàu con đường đa omicsPhân tích phát sinh loài đa omicsPhân tích proteomics đa omicsPhân tích Biểu hiện Vi sai RNA-seq Đa OmicsPhân tích Đa-omics đơn bào RNA-seqPhân tích Biến động Số lượng Bản sao dựa trên Mạng lướiNetwork-based epigenome-wide association studyPhân tích eQTL dựa trên mạngGWAS dựa trên mạngPhân tích Chuyển hóa Dựa trên Mạng lướiPhân tích đa dạng vi khuẩn chí dựa trên mạng lướiPhân tích làm giàu đường dẫn dựa trên mạng lướiPhân tích phát sinh loài dựa trên mạng lướiPhân tích biểu hiện vi sai RNA-seq dựa trên mạngPhân tích RNA-seq đơn bào dựa trên mạng lướiGọi biến dựa trên mạngPhân tích làm giàu đường dẫnMô hình hóa Dược lực học (Pharmacophore Modeling)Phylogenetic AnalysisPhylogenetic Independent ContrastsĐiểm rủi ro đa genCấu trúc liên kết mạng PPIPhân tích ProteomicsQSARBản đồ định vị gen ảnh hưởng đến các đặc điểm định lượngVận tốc RNA (RNA Velocity)Phân tích biểu hiện gen khác biệt RNA-seqQuét chọn lọc (Tajima's D)Căn chỉnh trình tựGọi đỉnh ChIP-seq đơn bàoPhân tích biến thể số bản sao đơn bàoNghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen biểu sinh đơn bào (scEWAS)Phân tích eQTL đơn bàoPhân tích làm giàu tập hợp gen đơn bàoGWAS đơn bàoPhân tích chuyển hóa đơn bàoPhân tích đa dạng hệ vi sinh vật đơn bàoPhân tích Tiến hóa Tế bào Đơn - Tái tạo Cây Dòng dõi ở Độ phân giải Tế bào ĐơnPhân tích RNA-seq đơn bàoSingle-cell RNA-seq differential expressionCăn chỉnh trình tự đơn bàoGọi biến thể đơn bàoGọi đỉnh ChIP-seq theo chuỗi thời gianPhân tích biến thể số lượng bản sao theo chuỗi thời gianNghiên cứu Hiệp hội Toàn bộ Hệ Gen trong Chuỗi Thời gianPhân tích eQTL chuỗi thời gianPhân tích làm giàu tập hợp gen theo chuỗi thời gianPhân tích Chuyển hóa theo Chuỗi Thời gianPhân tích Đa dạng Hệ Vi sinh Vật theo Chuỗi Thời gianPhân tích làm giàu đường dẫn theo chuỗi thời gianPhân tích phát sinh loài theo chuỗi thời gianPhân tích Proteomics theo chuỗi thời gianPhân tích biểu hiện gen vi sai theo chuỗi thời gianPhân tích chuỗi thời gian RNA đơn bàoGọi biến thể theo chuỗi thời gianKiểm định Bất cân bằng Truyền tảiVariant Calling

Xem thêm trong Xử lý tín hiệu và tính toán khoa học

Tín hiệu và tính toán số 48