Phân loại Metagenome
Phân loại metagenome phân chia các contig đã lắp ráp từ các quần xã vi sinh vật phức tạp thành các "thùng" (bin) bộ gen riêng biệt, mỗi thùng đại diện cho một sinh vật hoặc chủng riêng lẻ. Được tiên phong bởi Banfield và các đồng nghiệp, quy trình này cô lập các bộ gen của một sinh vật (bộ gen được lắp ráp từ metagenome, hay MAG) từ các mẫu môi trường mà không yêu cầu các chủng nuôi cấy.
Đọc toàn bộ phương pháp
Đăng nhập bằng tài khoản miễn phí để đọc phần này.
Bản đồ phương pháp
Lân cận của các phương pháp liên quan — chọn một nút để khám phá.
Nguồn tài liệu
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Cách trích dẫn trang này
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/vi/bioinformatics/metagenomic-binning
Phương pháp nào?
Đặt phương pháp này bên cạnh những phương pháp gần gũi nhất với nó và đọc chúng song song — thư viện bày sách lên bàn; lựa chọn là của bạn.
- Phân tích sàng lọc CRISPRTin sinh học↔ so sánh
- Lắp ráp transcriptome de novoTin sinh học↔ so sánh
- Tìm kiếm Hồ sơ HMMERTin sinh học↔ so sánh
Được tham chiếu bởi
Phát hiện lỗi trên trang này? Báo cáo hoặc đề xuất chỉnh sửa →