Lắp ráp transcriptome de novo
Lắp ráp transcriptome de novo tái tạo các chuỗi axit ribonucleic thông tin (messenger RNA) có độ dài đầy đủ trực tiếp từ các đọc trình tự mà không cần bộ gen tham chiếu. Được tiên phong bởi Regev, Haas và các đồng nghiệp, quy trình này cho phép khám phá bản ghi (transcript) ở các sinh vật không phải mô hình và phát hiện các dạng thức (isoform) mới, gen hợp nhất (fusion gene) và các biến thể nối (splice variant).
Đọc toàn bộ phương pháp
Đăng nhập bằng tài khoản miễn phí để đọc phần này.
Bản đồ phương pháp
Lân cận của các phương pháp liên quan — chọn một nút để khám phá.
Nguồn tài liệu
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Cách trích dẫn trang này
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/vi/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Phương pháp nào?
Đặt phương pháp này bên cạnh những phương pháp gần gũi nhất với nó và đọc chúng song song — thư viện bày sách lên bàn; lựa chọn là của bạn.
- Phân tích sàng lọc CRISPRTin sinh học↔ so sánh
- Tìm kiếm Hồ sơ HMMERTin sinh học↔ so sánh
- Phân loại MetagenomeTin sinh học↔ so sánh
Được tham chiếu bởi
Phát hiện lỗi trên trang này? Báo cáo hoặc đề xuất chỉnh sửa →