ScholarGate
Assistent

Bioinformatik

112 metoder i denna familj.

I urval

AdmixturanalysAdmixture analysis is a population genetics method that infers population structure and individual ancestry from multilocus genotype data. Originally developed by Pritchard, StepheAncestral State ReconstructionAncestral state reconstruction (ASR) is a phylogenetic method that infers the character states (trait values or evolutionary features) of extinct ancestors by analyzing patterns ofAnalys av ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a method for profiling the landscape of chromatin accessibility genome-wide. Developed by Buenrostro and cChIP-seq Peak CallingChIP-seq peak calling is a computational pipeline that identifies genomic regions where a protein of interest — a transcription factor or histone modification — is enriched, based KoalescentteoriCoalescent theory is a probabilistic framework that traces the genealogical history of DNA sequences backward in time to their most recent common ancestor. Developed by John KingmaAnalys av kopienummervariationer – detektion och tolkning av CNVCopy number variation (CNV) analysis is a genomic pipeline for detecting regions where individuals carry fewer or more copies of a DNA segment than the reference genome. CNVs span

Läsväg

Det här ämnets mest refererade grundläggande metoder, i den ordning de utvecklades — en bra startpunkt om du är ny här.

  1. Analys av kopienummervariationer – detektion och tolkning av CNV1998–2006av Pinkel et al. (array CGH); Redon et al. (genome-wide CNV map)
  2. Vägberikningsanalys2003–2005av Mootha et al. (2003); systematised by Subramanian et al. (2005)
  3. Genuppsättningsanrikningsanalys (GSEA)2005 (seminal PNAS paper; predecessor concept in Mootha et al. 2003)av Aravind Subramanian, Pablo Tamayo, Vamsi K. Mootha, Jill P. Mesirov, Todd R. Golub, Eric S. Lander et al. (Broad Institute)
  4. Genomtäckande associationsstudie (GWAS)2005–2007av Klein et al. (age-related macular degeneration GWAS, 2005); landmark scale: Wellcome Trust Case Control Consortium (2007)
  5. Epigenom-vid associationsstudie (EWAS)2008–2011 (term and framework established c. 2011)av Rakyan, Down, Balding & Beck (conceptual framework); Illumina arrays enabled large-scale application
  6. RNA-seq Differential Expression2008–2010 (RNA-seq DE methodology established)av Multiple groups; foundational methods from Anders & Huber (DESeq, 2010), Robinson, McCarthy & Smyth (edgeR, 2010)
  7. Analys av enkelcells-RNA-sekvensering2009 (first scRNA-seq by Tang et al.); widely adopted 2015–2016av Azim Surani, Barbara Treutlein, and the Regev/McCarroll groups (foundational droplet-based methods ~2015)
  8. Variant Calling2009–2010 (modern high-throughput era)av Li et al. (SAMtools/bcftools, 2009); McKenna et al. (GATK, 2010)
alla metoder på den här hyllan ↓

Alla metoder 112

AdmixturanalysAncestral State ReconstructionAnalys av ATAC-seqChIP-seq Peak CallingKoalescentteoriAnalys av kopienummervariationer – detektion och tolkning av CNVCRISPR-skärmanalysKryo-EM-rekonstruktionDe Novo TranskriptommonteringKallning av differentiella ChIP-seq-topparDifferential Copy Number Variation AnalysisDifferential Epigenome-Wide Association StudyDifferential eQTL-analysDifferential Metabolomics AnalysisDifferentiell väganrikningsanalysDifferential proteomanalysDifferential Single-Cell RNA-seq AnalysisDifferential Variant Calling – Jämförande somatisk variantdetektionEpigenom-vid associationsstudie (EWAS)Epigenom-vid associationsstudie inom utbildningsforskningeQTL-analysF-statistik (FST)GCTAGenuppsättningsanrikningsanalys (GSEA)Genomtäckande associationsstudie (GWAS)Genomtäckande associationsstudie inom utbildningsforskningHi-C-analysHKA-testHMMER profil-sökningHomologimodelleringIBD-kartläggningLD Block AnalysisMaskininlärningsassisterad identifiering av ChIP-seq-topparMaskininlärningsassisterad analys av kopienummervariationerMaskininlärningsstödd epigenom-vid-genomstudie (ML-EWAS)Maskininlärningsassisterad eQTL-analysMaskininlärningsassisterad genuppsättningsanrikningsanalysMaskininlärningsassisterad GWAS – ML-GWASMaskininlärningsstödd metabolomanalysMaskininlärningsassisterad analys av mikrobiomdiversitetMaskininlärningsassisterad vägrikningsanalysMaskininlärningsassisterad fylogenetisk analysMaskininlärningsassisterad RNA-seq-analys av differentiell genuttryckningMaskininlärningsassisterad sekvensanpassningMaskininlärningsassisterad analys av enkelcells-RNA-sekvenseringML-baserad variantidentifieringMcDonald-Kreitman-testetMetabolomanalysMetagenomisk binningMolekylär dockningMulti-Omics Epigenome-Wide Association StudyMulti-omics eQTL-analysMulti-omik analys av genuppsättningarMulti-omik metabolomanalys – Integrering av metaboliter med andra omikskiktMångomikrobiomdiversitetsanalysMulti-omics Pathway Enrichment AnalysisFylogenetisk analys med multiomikMulti-omik-proteomanalysMulti-omics RNA-seq Differential Expression AnalysisMulti-omics single-cell RNA-seq analysisNätverksbaserad analys av kopienummervariationerNätverksbaserad Epigenom-Wide Association Study (Network EWAS)Nätverksbaserad eQTL-analysNätverksbaserad GWASNätverksbaserad metabolomanalysNätverksbaserad analys av mikrobiomdiversitetNätverksbaserad vägrikningsanalysNätverksbaserad fylogenetisk analysNätverksbaserad RNA-seq-analys av differentiell genexpressionNätverksbaserad encells-RNA-sekvensanalysNätverksbaserad variantidentifieringVägberikningsanalysFarmakofor-modelleringFylogenetisk analysFylogenetiskt oberoende kontrasterPolygenisk riskpoängPPI-nätverkstopologiProteomanalysQSARQTL-kartläggningRNA-hastighetRNA-seq Differential ExpressionSelection Sweep (Tajima's D)SekvensinpassningAnrop av toppar i enkelcells-ChIP-seqAnalys av kopienummer-variationer i encellig nivåSingle-cell epigenome-wide association study (scEWAS)Single-cell eQTL-analysSingle-cell Gene Set Enrichment AnalysisSingle-cell GWASAnalys av enskilda cellers metabolomEncellulär diversitetsanalys av mikrobiometEnkelcells fylogenetisk analysAnalys av enkelcells-RNA-sekvenseringAnalys av differentiell genexpression i enkelcells-RNA-sekvenseringEnkelcellssekvensjusteringEncells-variationsanropningTime-series ChIP-seq peak callingTidsserieanalys av kopienummervariationerTidsserie-epigenom-vid associationsstudie – Longitudinell EWASTids-eQTL-analysTime-series gene set enrichment analysisTids-serie metabolomik-analysTime-series microbiome diversity analysisTidsserieanalys av "pathway"-anrikning – Dynamisk "pathway"-aktivitet över tidTids-serie fylogenetisk analysTidsserieproteomanalysTidsserie RNA-seq differentiell expression – Temporal transkriptomikTidserieanalys av enkelcells-RNA-seqTidsserieanalys av varianter – Detektion av longitudinella somatiska mutationerTransmission Disequilibrium TestVariant Calling

Mer i Signalbehandling & vetenskapliga beräkningar

Signalbehandling & numerik 48