Time-Series Gene Set Enrichment Analysis
Klassisk GSEA frågar vilka pathways som är anrikade i en rangordnad lista härledd från en enda två-villkorsjämförelse. I ett tidsserieexperiment har du inte två villkor utan en ordnad sekvens av mätningar — säg, 0, 6, 12, 24 och 48 timmar efter behandling. TS-GSEA fångar först hur varje gens uttryck förändras över den banan (till exempel genom att anpassa en polynomisk eller spline regressionsmodell), härleder sedan en temporär sammanfattande statistik per gen, och kör slutligen standard eller anpassad anrikningspoängsättning på den resulterande rangordnade listan. Resultatet är en lista över genuppsättningar vars koordinerade dynamik — inte bara deras statiska nivå vid en enda tidpunkt — är signifikant annorlunda än bakgrunden.
Läs hela metoden
Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.
Metodkarta
Närområdet av besläktade metoder — välj en nod för att utforska.
Källor
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Så citerar du den här sidan
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Vilken metod?
Placera den här metoden bredvid sina närmaste släktingar och läs dem sida vid sida — biblioteket lägger fram böckerna på bordet; valet är ditt.
- Genuppsättningsanrikningsanalys (GSEA)Bioinformatik↔ jämför
- Multi-omik analys av genuppsättningarBioinformatik↔ jämför
- VägberikningsanalysBioinformatik↔ jämför
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ jämför
- Analys av enkelcells-RNA-sekvenseringBioinformatik↔ jämför
- Tidsserie RNA-seq differentiell expression – Temporal transkriptomikBioinformatik↔ jämför
Similar methods
Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →