De Novo Transkriptommontering
De novo transkriptommontering rekonstruerar fullängds budbärar-RNA-sekvenser direkt från sekvenseringsläsningar utan krav på ett referensgenom. Denna pipeline, som pionjärades av Regev, Haas och kollegor, möjliggör upptäckt av transkript hos icke-modellorganismer och detektion av nya isoformer, fusionsgener och splicevarianter.
Läs hela metoden
Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.
Metodkarta
Närområdet av besläktade metoder — välj en nod för att utforska.
Källor
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Så citerar du den här sidan
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Vilken metod?
Placera den här metoden bredvid sina närmaste släktingar och läs dem sida vid sida — biblioteket lägger fram böckerna på bordet; valet är ditt.
- CRISPR-skärmanalysBioinformatik↔ jämför
- HMMER profil-sökningBioinformatik↔ jämför
- Metagenomisk binningBioinformatik↔ jämför
Refereras av
Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →