ScholarGate
Assistent
Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Kromatinimmunoprecipitationssekvensering Peak Calling

ChIP-seq peak calling är en beräkningsmässig pipeline som identifierar genomiska regioner där ett protein av intresse — en transkriptionsfaktor eller histonmodifiering — är anrikat, baserat på sekvenseringsläsningar från kromatinimmunoprecipitationsexperiment. Den omvandlar råa sekvenseringsdata till en uppsättning bindnings- eller modifieringsställen med hög konfidens över genomet, vilket möjliggör nedströmsanalys av genreglering, kromatinstatus och epigenetiska mekanismer.

Öppna i MethodMindSnartVideoSnartDownload slides

Läs hela metoden

Endast för medlemmar

Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.

Logga in

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

ChIP-seq Peak Calling
Analys av ATAC-seqEpigenom-vid association…RNA-seq Differential Exp…SekvensinpassningAnalys av enkelcells-RNA…Variant CallingBayesiansk ChIP-seq-topp…Kallning av differentiel…Differential Epigenome-W…Maskininlärningsassister…

+3 more

Källor

  1. Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
  2. Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Så citerar du den här sidan

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Compare side by side →

Refereras av

Bayesiansk ChIP-seq-toppkallningKallning av differentiella ChIP-seq-topparDifferential Epigenome-Wide Association StudyEpigenom-vid associationsstudie (EWAS)Maskininlärningsassisterad identifiering av ChIP-seq-topparMulti-omics single-cell RNA-seq analysisRNA-seq Differential ExpressionSekvensinpassningAnrop av toppar i enkelcells-ChIP-seqTime-series ChIP-seq peak calling

Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →

ScholarGate — ChIP-seq Peak Calling (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Hämtad 2026-06-15 från https://scholargate.app/sv/bioinformatics/chip-seq-peak-calling · Datamängd: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026