Enkelcellssekvensjustering — scRNA-seq-lässekvensmappning
Enkelcellssekvensjustering är det beräkningssteg som mappar miljontals korta sekvenseringsläsningar, producerade av enkelcells-RNA-seq-experiment, tillbaka till ett referensgenom eller transkriptom. Till skillnad från bulk-RNA-seq-justering bär varje läsning en cellstreckkod och en unik molekylär identifierare (UMI) som tillsammans identifierar den ursprungliga cellen och den individuella RNA-molekylen. Noggrann justering och streckkodsdemultiplexering är förutsättningar för att konstruera den cell-per-gen-antalmatris som driver alla nedströms enkelcellsanalyser.
Läs hela metoden
Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Källor
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Så citerar du den här sidan
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ compare
Refereras av
Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →