Metagenomisk binning
Metagenomisk binning partitionerar sammansatta kontiger från komplexa mikrobiella samhällen i distinkta genom-bins, var och en representerande en enskild organism eller stam. Pionjärarbete av Banfield och kollegor, denna pipeline isolerar enskilda organismgenom (metagenom-assemblerade genom eller MAGs) från miljöprover utan att kräva odlade isolat.
Läs hela metoden
Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.
Metodkarta
Närområdet av besläktade metoder — välj en nod för att utforska.
Källor
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Så citerar du den här sidan
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/metagenomic-binning
Vilken metod?
Placera den här metoden bredvid sina närmaste släktingar och läs dem sida vid sida — biblioteket lägger fram böckerna på bordet; valet är ditt.
- CRISPR-skärmanalysBioinformatik↔ jämför
- De Novo TranskriptommonteringBioinformatik↔ jämför
- HMMER profil-sökningBioinformatik↔ jämför
Refereras av
Similar methods
Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →