Process / pipelineBioinformatics / omics

Genuppsättningsanrikningsanalys (GSEA)

Genuppsättningsanrikningsanalys (GSEA) är en beräkningsmetod som avgör om en fördefinierad uppsättning gener – som representerar en biologisk signalväg, process eller funktion – uppvisar statistiskt signifikanta, koordinerade skillnader mellan två biologiska tillstånd. Till skillnad från enkel filtrering baserad på fold-förändring, arbetar GSEA med alla uppmätta gener rangordnade efter en korrelationsmetrik, och detekterar subtila men konsekventa skift över en hel signalväg även när ingen enskild gen passerar en signifikansgräns.

Öppna i MethodMindSnartApply, compare, get guidance

Tools & resources

Ladda ner bildspel

Learn & explore

VideoSnart

Läs hela metoden

Endast för medlemmar

Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.

Logga in

Metodkarta

Närområdet av besläktade metoder — välj en nod för att utforska.

Genuppsättningsanrikningsanalys (GSEA)

Multi-omik analys av gen…Nätverksbaserad genuppsä…Vägberikningsanalys RNA-seq Differential Exp…Analys av enkelcells-RNA…Bayesian genuppsättnings…Bayesiansk analys av mik…Bayesiansk anrikningsana…Bayesiansk RNA-seq diffe…Kallning av differentiel…

+27 till

Källor

Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗

Så citerar du den här sidan

ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis

Vilken metod?

Placera den här metoden bredvid sina närmaste släktingar och läs dem sida vid sida — biblioteket lägger fram böckerna på bordet; valet är ditt.

Multi-omik analys av genuppsättningarBioinformatik↔ jämför
Nätverksbaserad genuppsättningsanrikningBioinformatik↔ jämför
VägberikningsanalysBioinformatik↔ jämför
RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ jämför
Analys av enkelcells-RNA-sekvenseringBioinformatik↔ jämför

Jämför sida vid sida →

Refereras av

Bayesian genuppsättningsanrikningsanalys Bayesiansk analys av mikrobiomdiversitet Bayesiansk anrikningsanalys av genvägar Bayesiansk RNA-seq differential expression Kallning av differentiella ChIP-seq-toppar Differentiell väganrikningsanalys eQTL-analys Maskininlärningsassisterad genuppsättningsanrikningsanalys Maskininlärningsassisterad vägrikningsanalys Maskininlärningsassisterad RNA-seq-analys av differentiell genuttryckning Maskininlärningsassisterad analys av enkelcells-RNA-sekvensering Metabolomanalys Multi-omik analys av genuppsättningar Multi-omik metabolomanalys – Integrering av metaboliter med andra omikskikt Mångomikrobiomdiversitetsanalys Multi-omics Pathway Enrichment Analysis Multi-omik-proteomanalys Multi-omics RNA-seq Differential Expression Analysis Multi-omics single-cell RNA-seq analysis Nätverksbaserad analys av kopienummervariationer Nätverksbaserad genuppsättningsanrikning Nätverksbaserad GWAS Nätverksbaserad metabolomanalys Nätverksbaserad analys av mikrobiomdiversitet Nätverksbaserad vägrikningsanalys Nätverksbaserad RNA-seq-analys av differentiell genexpression Nätverksbaserad encells-RNA-sekvensanalys Vägberikningsanalys Proteomanalys RNA-seq Differential Expression Single-cell Gene Set Enrichment Analysis Analys av enkelcells-RNA-sekvensering Analys av differentiell genexpression i enkelcells-RNA-sekvensering Time-series gene set enrichment analysis Tidsserieanalys av "pathway"-anrikning – Dynamisk "pathway"-aktivitet över tid Tidsserie RNA-seq differentiell expression – Temporal transkriptomik Tidserieanalys av enkelcells-RNA-seq

Related reference concepts

Pathway Enrichment and Network Analysis Functional Genomics and Pathway Analysis Gene Ontology and Biological Databases Gene Expression Signatures and Prognostic Markers Transcriptomics and Gene Expression Analysis Systems Genomics and Network Biology

Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →