Analys av ATAC-seq
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) är en metod för att profilera kromatinets tillgänglighet genom hela genomet. Utvecklad av Buenrostro och kollegor 2013, använder ATAC-seq en hyperaktiv transposas för att tagga öppna, tillgängliga kromatinregioner, vilket möjliggör snabb och känslig identifiering av regulatoriska DNA-element. ATAC-seq har blivit en standardteknik för att karakterisera genregulatoriska landskap, upptäcka celltypsspecifika regulatoriska element och inferera genregulatoriska nätverk.
Läs hela metoden
Logga in med ett kostnadsfritt konto för att läsa avsnittet.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Källor
- Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y., & Greenleaf, W. J. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of cell populations and tissues. Nature Methods, 10(12), 1213–1218. link ↗
- Corces, M. R., Buenrostro, J. D., Wu, B., Greenside, P. G., Chan, S. M., Koenig, J. L., & Greenleaf, W. J. (2017). Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis. Nature Genetics, 48(10), 1193–1203. DOI: 10.1038/ng.3646 ↗
- Satpathy, A. T., Granja, J. M., Yost, K. E., Qi, Y., Meschi, F., McDermott, G. P., & Chang, H. Y. (2019). Massively parallel single-cell chromatin landscapes. Nature Biotechnology, 37(12), 1452–1462. link ↗
Så citerar du den här sidan
ScholarGate. (2026, June 3). ATAC-seq Analysis for Chromatin Accessibility and Regulatory Landscapes. ScholarGate. https://scholargate.app/sv/genetics/atac-seq-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Hi-C-analysGenetik↔ compare
- RNA-hastighetGenetik↔ compare
Refereras av
Hittade du ett fel på sidan? Rapportera eller föreslå en rättelse →