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ネットワークベースのコピー数変異解析
ネットワークベースのコピー数変異解析は、ゲノムワイドなCNVデータをタンパク質間相互作用（PPI）ネットワークやパスウェイネットワークなどの生物学的相互作用ネットワークに統合し、生のCNV呼び出しだけでは見逃される機能的に一貫した領域、ドライバー遺伝子、および変化したサブネットワークを特定します。この手法は、ネットワークグラフを通じてCNVシグナルを伝播することにより、共通の生物学的機能に収束する協調的なゲノム倍数性不均衡を明らかにします。そのため、がんゲノミクスや希少疾患の研究に特に強力です。
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出典
- Vandin, F., Upfal, E., & Raphael, B. J. (2012). De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Research, 22(2), 375–385. DOI: 10.1101/gr.120477.111 ↗
- Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H.-T., Dobson, J. R., Eldridge, J. V., Thomas, J. L., Papoutsaki, A., Kim, Y., Niu, B., McLellan, M., Lawrence, M. S., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Cheng, Y., Ryslik, G. A., Lopez-Bigas, N., Getz, G., Ding, L., & Raphael, B. J. (2015). Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes. Nature Genetics, 47(2), 106–114. DOI: 10.1038/ng.3168 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis
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