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ベイジアン微生物群集多様性解析 — コミュニティ構造の確率的評価
ベイジアン微生物群集多様性解析は、16S rRNAまたはショットガンメタゲノムカウントデータに対し、主にディリクレ・多項分布および関連する階層的フレームワークといった確率モデルを適用し、α多様性(サンプル内リッチネスと均等度)およびβ多様性(サンプル間組成差)を推定する。この際、推論チェーン全体を通じて不確実性を伝播させる。頻度論的、希少化(rarefaction)ベースのアプローチとは異なり、ベイジアン手法は分類群カウントを潜在的組成からのドローとして扱い、多様性指標に対する信頼区間(credible interval)および不均等なシーケンス深度を持つ群間の原理的な比較を可能にする。
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出典
- Holmes, I., Harris, K., & Quince, C. (2012). Dirichlet Multinomial Mixtures: Generative Models for Microbial Metagenomics. PLOS ONE, 7(2), e30126. link ↗
- La Rosa, P. S., Brooks, J. P., Deych, E., Boone, E. L., Edwards, D. J., Wang, Q., Sodergren, E., Weinstock, G., & Shannon, W. D. (2012). Hypothesis Testing and Power Calculations for Taxonomic-Based Human Microbiome Data. PLOS ONE, 7(12), e52078. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Bayesian Statistical Analysis of Microbiome Diversity. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/bayesian-microbiome-diversity-analysis
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