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Analyse d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA)

L'analyse d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA) est une méthode computationnelle qui détermine si un ensemble prédéfini de gènes — représentant une voie biologique, un processus ou une fonction — montre des différences coordonnées statistiquement significatives entre deux conditions biologiques. Contrairement au simple filtrage par rapport d'amplification (fold-change), la GSEA opère sur tous les gènes mesurés classés par une métrique de corrélation, détectant des décalages subtils mais cohérents sur une voie entière, même lorsqu'aucun gène individuel ne franchit un seuil de significativité.

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Sources

  1. Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
  2. Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗

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ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis

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ScholarGate — Gene Set Enrichment Analysis (Gene Set Enrichment Analysis). Consulté le 2026-06-17 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026