Analyse d'enrichissement de jeux de gènes en séries temporelles — Enrichissement dynamique des voies au fil du temps
L'analyse d'enrichissement de jeux de gènes en séries temporelles (TS-GSEA) étend le cadre classique de la GSEA pour détecter des jeux de gènes biologiquement coordonnés — voies, termes d'ontologie génique ou signatures organisées — dont l'expression collective change de manière significative au fil du temps. Plutôt que de comparer deux instantanés, elle modélise la trajectoire temporelle complète de l'expression génique pour identifier les programmes fonctionnels qui sont activés, supprimés ou remodelés dynamiquement au cours d'un processus biologique tel que le développement, la réponse au traitement ou la progression de la maladie.
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Sources
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Comment citer cette page
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
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