Analyse bayésienne de la diversité du microbiome — Évaluation probabiliste de la structure des communautés

L'analyse bayésienne de la diversité du microbiome applique des modèles probabilistes — principalement Dirichlet-Multinomial et des cadres hiérarchiques apparentés — aux données de comptage de l'ARNr 16S ou de la métagénomique par séquençage "shotgun" pour estimer la diversité alpha (richesse et équitabilité intra-échantillon) et la diversité bêta (différences de composition inter-échantillons) tout en propageant l'incertitude à travers toute la chaîne d'inférence. Contrairement aux approches fréquentistes basées sur la raréfaction, les méthodes bayésiennes traitent les comptages de taxons comme des tirages d'une composition latente, permettant des intervalles de crédibilité sur les métriques de diversité et une comparaison rigoureuse entre des groupes avec des profondeurs de séquençage inégales.