Process / pipelineBioinformatics / omics

Analyse des variations du nombre de copies basée sur les réseaux

L'analyse des variations du nombre de copies (VNC) basée sur les réseaux intègre des données de VNC à l'échelle du génome avec des réseaux d'interaction biologique — tels que les réseaux d'interaction protéine-protéine (IPP) ou de voies métaboliques — pour identifier des régions fonctionnellement cohérentes, des gènes moteurs et des sous-réseaux altérés que l'appel de VNC brut seul manquerait. En propageant les signaux de VNC à travers le graphe du réseau, la méthode révèle des déséquilibres de dosage génomique coordonnés qui convergent vers des fonctions biologiques communes, la rendant particulièrement puissante dans la génomique du cancer et les études de maladies rares.

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Sources

  1. Vandin, F., Upfal, E., & Raphael, B. J. (2012). De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Research, 22(2), 375–385. DOI: 10.1101/gr.120477.111
  2. Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H.-T., Dobson, J. R., Eldridge, J. V., Thomas, J. L., Papoutsaki, A., Kim, Y., Niu, B., McLellan, M., Lawrence, M. S., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Cheng, Y., Ryslik, G. A., Lopez-Bigas, N., Getz, G., Ding, L., & Raphael, B. J. (2015). Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes. Nature Genetics, 47(2), 106–114. DOI: 10.1038/ng.3168

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ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis

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ScholarGateNetwork-based copy number variation analysis (Network-Based Copy Number Variation Analysis). Consulté le 2026-06-15 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026