Process / pipelineBioinformatics / omics

Appel de pics différentiels par ChIP-seq — Analyse comparative de la liaison à la chromatine

L'appel de pics différentiels par ChIP-seq identifie les loci génomiques où une protéine d'intérêt — typiquement un facteur de transcription ou une marque d'histone — présente une liaison ou une occupation significativement altérée entre deux conditions biologiques ou plus. En combinant la détection standard de pics par ChIP-seq avec des tests statistiques basés sur les comptages, la méthode révèle des éléments régulateurs spécifiques aux conditions, fournissant une carte à l'échelle du génome des interactions dynamiques de la chromatine sous-jacentes aux changements d'état cellulaire.

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Sources

  1. Ross-Innes, C. S., Stark, R., Teschendorff, A. E., Holmes, K. A., Ali, H. R., Dunning, M. J., Brown, G. D., Gojis, O., Ellis, I. O., Green, A. R., Ali, S., Chin, S. F., Palmieri, C., Caldas, C., & Carroll, J. S. (2012). Differential oestrogen receptor binding is associated with clinical outcome in breast cancer. Nature, 481(7381), 389-393. link
  2. Stark, R., & Brown, G. (2011). DiffBind: differential binding analysis of ChIP-Seq peak data. Bioconductor Package, Cancer Research UK Cambridge Research Institute. link

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ScholarGate. (2026, June 3). Differential Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/differential-chip-seq-peak-calling

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ScholarGateDifferential ChIP-seq peak calling (Differential Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Consulté le 2026-06-15 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/differential-chip-seq-peak-calling · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026