Analyse différentielle d'expression de données RNA-seq basée sur les réseaux

L'analyse différentielle d'expression de données RNA-seq basée sur les réseaux intègre les tests conventionnels d'expression différentielle avec des réseaux d'interaction génique — tels que des graphes d'interaction protéine-protéine ou des réseaux de co-expression pondérés — pour identifier non seulement des gènes individuels différentiellement exprimés, mais aussi des modules géniques cohérents et biologiquement significatifs qui varient ensemble entre les conditions. Cette approche réduit considérablement les faux positifs et révèle des signaux au niveau des voies métaboliques, invisibles aux tests gène par gène. Les tests différentiels d'expression standards traitent chaque gène comme indépendant : ils demandent si le gène A est augmenté ou diminué dans la condition X par rapport à Y. Or, les gènes n'agissent pas isolément — ils forment des circuits. L'analyse différentielle d'expression basée sur les réseaux superpose les signaux de changement d'expression sur une carte des interactions géniques connues. Des gènes individuellement peu modifiés peuvent former un sous-réseau dense et fortement connecté dans lequel tous les membres évoluent ensemble ; ce sous-réseau constitue un signal biologique beaucoup plus fort que n'importe quel gène unique. L'approche s'apparente à la détection d'un décalage coordonné dans un réseau social plutôt qu'à la recherche d'individus ayant bougé seuls.