Анализ обогащения генных наборов (GSEA)
Анализ обогащения генных наборов (GSEA) — это вычислительный метод, который определяет, проявляет ли предопределенный набор генов — представляющий биологический путь, процесс или функцию — статистически значимые, скоординированные различия между двумя биологическими состояниями. В отличие от простого фильтрования по изменению кратности (fold-change), GSEA работает со всеми измеренными генами, ранжированными по метрике корреляции, обнаруживая тонкие, но последовательные сдвиги во всем пути, даже когда ни один отдельный ген не проходит порог значимости.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Карта метода
Окружение родственных методов — выберите узел, чтобы перейти к нему.
+ ещё 27
Источники
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis
Какой метод?
Поставьте этот метод рядом с ближайшими родственными и прочитайте их бок о бок — библиотека выкладывает книги на стол, а выбор за вами.
- Мультиомиксный анализ обогащения генных наборовБиоинформатика↔ сравнить
- Сетевой анализ обогащения генных наборовБиоинформатика↔ сравнить
- Анализ обогащения сигнальных путейБиоинформатика↔ сравнить
- Анализ дифференциальной экспрессии РНК-сек (DE)Биоинформатика↔ сравнить
- Анализ одноклеточной РНК-секвенирования (scRNA-seq)Биоинформатика↔ сравнить
Упоминается в
Similar methods
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →