Одноклеточный анализ обогащения генных наборов — scGSEA
Одноклеточный анализ обогащения генных наборов (scGSEA) расширяет классический анализ обогащения генных наборов для образцов (bulk GSEA) до уровня отдельных клеток. Вместо того чтобы проверять, обогащен ли генный набор при сравнении на уровне образца, scGSEA присваивает каждому клетке показатель обогащения или активности, что позволяет исследователям картировать активность путей в гетерогенных клеточных популяциях, клеточных состояниях и траекториях развития, улавливаемых в данных одноклеточной РНК-секвенирования.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Карта метода
Окружение родственных методов — выберите узел, чтобы перейти к нему.
Источники
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
Какой метод?
Поставьте этот метод рядом с ближайшими родственными и прочитайте их бок о бок — библиотека выкладывает книги на стол, а выбор за вами.
- Анализ обогащения генных наборов (GSEA)Биоинформатика↔ сравнить
- Анализ обогащения сигнальных путейБиоинформатика↔ сравнить
- Анализ дифференциальной экспрессии РНК-сек (DE)Биоинформатика↔ сравнить
- Анализ одноклеточной РНК-секвенирования (scRNA-seq)Биоинформатика↔ сравнить
- Анализ дифференциальной экспрессии генов в одноклеточной РНК-секвенированииБиоинформатика↔ сравнить
Упоминается в
Similar methods
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →