Анализ обогащения генных наборов во времени — динамическое обогащение путей по временным точкам
Анализ обогащения генных наборов во времени (TS-GSEA) расширяет классическую структуру GSEA для обнаружения биологически скоординированных генных наборов — путей, терминов генной онтологии или курируемых сигнатур — коллективное изменение экспрессии которых имеет смысл во времени. Вместо сравнения двух снимков, он моделирует полную временную траекторию экспрессии генов для идентификации того, какие функциональные программы активируются, подавляются или динамически реконструируются в ходе биологического процесса, такого как развитие, ответ на лечение или прогрессирование заболевания.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Карта метода
Окружение родственных методов — выберите узел, чтобы перейти к нему.
Источники
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu333 ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/time-series-gene-set-enrichment-analysis
Какой метод?
Поставьте этот метод рядом с ближайшими родственными и прочитайте их бок о бок — библиотека выкладывает книги на стол, а выбор за вами.
- Анализ обогащения генных наборов (GSEA)Биоинформатика↔ сравнить
- Мультиомиксный анализ обогащения генных наборовБиоинформатика↔ сравнить
- Анализ обогащения сигнальных путейБиоинформатика↔ сравнить
- Анализ дифференциальной экспрессии РНК-сек (DE)Биоинформатика↔ сравнить
- Анализ одноклеточной РНК-секвенирования (scRNA-seq)Биоинформатика↔ сравнить
- Дифференциальная экспрессия РНК-сек в динамикеБиоинформатика↔ сравнить
Similar methods
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →