Сетевой анализ обогащения путей
Сетевой анализ обогащения путей интегрирует сети молекулярных взаимодействий — белок-белковые взаимодействия, сигнальные графы или генные регуляторные сети — с омиксными измерениями для идентификации биологических путей, которые скоординированно изменены в определенном состоянии. В отличие от классических подходов к анализу избыточной представленности или обогащения генных наборов, которые рассматривают гены пути как независимые списки, это семейство методов распространяет сигналы по ребрам сети, учитывая топологию взаимодействий и выявляя нарушенные модули, которые упускаются при обогащении плоских списков.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Карта метода
Окружение родственных методов — выберите узел, чтобы перейти к нему.
Источники
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. link ↗
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq182 ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/network-based-pathway-enrichment-analysis
Какой метод?
Поставьте этот метод рядом с ближайшими родственными и прочитайте их бок о бок — библиотека выкладывает книги на стол, а выбор за вами.
- Анализ обогащения генных наборов (GSEA)Биоинформатика↔ сравнить
Упоминается в
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →