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Gen-Satz-Anreicherungsanalyse (GSEA)

Die Gen-Satz-Anreicherungsanalyse (GSEA) ist eine computergestützte Methode, die bestimmt, ob ein vordefinierter Satz von Genen – der einen biologischen Signalweg, Prozess oder eine Funktion darstellt – statistisch signifikante, koordinierte Unterschiede zwischen zwei biologischen Bedingungen aufweist. Im Gegensatz zur einfachen Filterung nach der differentiellen Expression (Fold-Change) arbeitet GSEA mit allen gemessenen Genen, die nach einer Korrelationsmetrik geordnet sind, und erkennt subtile, aber konsistente Verschiebungen in einem gesamten Signalweg, selbst wenn kein einzelnes Gen einen Signifikanzschwellenwert überschreitet.

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Quellen

Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
Mootha, V. K., Lindgren, C. M., Eriksson, K. F., Subramanian, A., Sihag, S., Lehar, J., Puigserver, P., Carlsson, E., Ridderstrale, M., Laurila, E., Houstis, N., Daly, M. J., Patterson, N., Mesirov, J. P., Golub, T. R., Tamayo, P., Spiegelman, B., Lander, E. S., Hirschhorn, J. N., Altshuler, D., & Groop, L. C. (2003). PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes. Nature Genetics, 34(3), 267–273. DOI: 10.1038/ng1180 ↗

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ScholarGate. (2026, June 3). Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/gene-set-enrichment-analysis

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