Netzwerkbasierte Analyse von Einzelzell-RNA-Seq-Daten
Die netzwerkbasierte Analyse von Einzelzell-RNA-Seq-Daten (scRNA-seq) erweitert Standard-Workflows, indem sie Molekularinteraktionsnetzwerke – Genregulationsnetzwerke, Koexpressionsnetzwerke oder Graphen der Zell-Zell-Kommunikation – aus Einzelzell-Transkriptomdaten konstruiert und untersucht. Anstatt jedes Gen unabhängig zu betrachten, erfasst dieser Ansatz die koordinierte Aktivität von Genkreisläufen und interzellulären Signalwegen innerhalb und zwischen Zellpopulationen und ermöglicht so eine systemweite Betrachtung der Transkriptionsregulation auf Einzelzellauflösung.
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Quellen
- Aibar, S., González-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., ... & Aerts, S. (2017). SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083–1086. link ↗
- Jin, S., Guerrero-Juarez, C. F., Zhang, L., Chang, I., Ramos, R., Kuan, C. H., ... & Nie, Q. (2021). Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat. Nature Communications, 12(1), 1088. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Single-Cell RNA Sequencing Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/network-based-single-cell-rna-seq-analysis
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