Zeitreihen-Einzelzell-RNA-Sequenzierungsanalyse – Temporale Transkriptomik in Einzelzellauflösung
Die Zeitreihen-Einzelzell-RNA-Sequenzierungsanalyse erfasst die Genexpression über mehrere Zeitpunkte hinweg in Einzelzellauflösung, um aufzuzeigen, wie Zellpopulationen während dynamischer biologischer Prozesse wie Entwicklung, Differenzierung oder Krankheitsverlauf entstehen, übergehen und divergieren. Durch die Kombination von Pseudotime-Anordnung, RNA-Velocity und Tests auf differentielle Dynamik rekonstruieren Forscher die zeitliche Trajektorie einzelner Zellen und identifizieren die genregulatorischen Veränderungen, die biologische Übergänge steuern.
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Quellen
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
- La Manno, G., Soldatov, R., Zeisel, A., Braun, E., Hochgerner, H., Petukhov, V., Lidschreiber, K., Kastriti, M. E., Lonnerberg, P., Furlan, A., Fan, J., Borm, L. E., Liu, Z., van Bruggen, D., Guo, J., He, X., Linnarsson, S., & Kharchenko, P. V. (2018). RNA velocity of single cells. Nature, 560(7719), 494-498. DOI: 10.1038/s41586-018-0414-6 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Single-Cell RNA Sequencing Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/time-series-single-cell-rna-seq-analysis
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