Single-cell Gen-Set-Anreicherung – scGSEA
Die Single-Cell-Gen-Set-Anreicherungsanalyse (scGSEA) erweitert die klassische Bulk-GSEA auf die Auflösung einzelner Zellen. Anstatt zu testen, ob ein Gen-Set in einem Vergleich auf Stichprobenebene angereichert ist, weist scGSEA jeder Zelle einen Anreicherungs- oder Aktivitätswert zu. Dies ermöglicht es Forschern, die Signalwegaktivität über heterogene Zellpopulationen, Zellzustände und Entwicklungstrajektorien hinweg abzubilden, die in Single-Cell-RNA-seq-Daten erfasst werden.
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Quellen
- Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., Rambow, F., Marine, J.-C., Geurts, P., Aerts, J., van den Oord, J., Kalender Atak, Z., Wouters, J., & Aerts, S. (2017). SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. link ↗
- DeTomaso, D., Jones, M. G., Subramaniam, M., Ashuach, T., Ye, C. J., & Yosef, N. (2019). Functional interpretation of single cell similarity maps. Nature Communications, 10(1), 4376. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/single-cell-gene-set-enrichment-analysis
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- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatik↔ vergleichen
- Einzelzell-RNA-seq-AnalyseBioinformatik↔ vergleichen
- Differenzielle Expressionsanalyse von Einzelzell-RNA-seqBioinformatik↔ vergleichen
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