Maschinelles Lernen-gestützte Gen-Set-Anreicherungsanalyse
Maschinelles Lernen-gestützte Gen-Set-Anreicherungsanalyse (ML-GSEA) erweitert den klassischen GSEA-Rahmen durch die Einbeziehung von überwachten oder unüberwachten ML-Modellen – wie Random Forests, neuronalen Netzen oder Deep-Learning-Architekturen –, um die Erkennung, Rangfolge und biologische Interpretation angereicherter Gen-Sets aus Hochdurchsatz-Expressionsdaten zu verbessern. Der Ansatz ist besonders wertvoll für komplexe, nichtlineare Gen-Set-Beziehungen, die klassische Anreicherungsstatistiken möglicherweise übersehen.
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Quellen
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. DOI: 10.1073/pnas.0506580102 ↗
- Ma, J., Yu, M. K., Fong, S., Ono, K., Sage, E., Demchak, B., Sharan, R., & Ideker, T. (2018). Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell. Nature Methods, 15(4), 290–298. DOI: 10.1038/nmeth.4627 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Machine Learning-Assisted Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/machine-learning-assisted-gene-set-enrichment-analysis
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