Bayesian Pathway Enrichment Analysis

Die Bayesian Pathway Enrichment Analysis testet, ob eine vordefinierte Genmenge – ein biologischer Signalweg – systematisch unter den Genen überrepräsentiert ist, die in einem Experiment Anzeichen für eine differenzielle Aktivität zeigen. Im Gegensatz zu klassischen Überrepräsentationstests kodiert sie biologisches Vorwissen als A-priori-Verteilung und aktualisiert diese mit den beobachteten Expressionsdaten, was zu A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten der Anreicherung anstelle von p-Werten führt. Dieses probabilistische Rahmenwerk verarbeitet kleine Stichproben, mehrere Signalwege und Unsicherheitsfortpflanzung kohärent in einem statistischen Rahmen.