Netzwerkbasierte Gen-Set-Anreicherungsanalyse

Die netzwerkbasierte Gen-Set-Anreicherungsanalyse (network GSEA) erweitert die klassische GSEA durch die Einbeziehung biologischer Interaktionsnetzwerke – wie Protein-Protein-Interaktions- (PPI) oder Co-Expressionsgraphen – in den Anreicherungstest. Anstatt jedes Gen unabhängig zu behandeln, propagiert die Methode differentielle Expressionssignale über Netzwerk-Kanten, wodurch ko-regulierte oder funktionell verbundene Gene gemeinsam die Signifikanz eines Gen-Sets unterstützen können. Das Ergebnis ist ein biologisch kohärenter Anreicherungsscore, der die Pfad-Topologie und Gen-Gen-Abhängigkeiten berücksichtigt.