Zeitreihen-Pathway-Analyse — Dynamische Pathway-Aktivität über die Zeit
Die Zeitreihen-Pathway-Analyse identifiziert biologische Pathways, deren koordinierte Genaktivität sich über geordnete Zeitpunkte hinweg signifikant ändert. Anstatt jeden Zeitpunkt unabhängig zu behandeln, modelliert die Methode die zeitliche Entwicklung der Genexpression innerhalb jedes Pathways und testet, ob ganze biologische Programme – nicht nur einzelne Gene – zeitabhängig aktiviert oder unterdrückt werden. Sie wird häufig in der Entwicklungsbiologie, bei Studien zur Medikamentenwirkung und in Infektionszeitreihen eingesetzt.
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Quellen
- Ernst, J., Nau, G. J., & Bar-Joseph, Z. (2005). Clustering short time series gene expression data. Bioinformatics, 21(Suppl 1), i159–i168. link ↗
- Cheng, J., Tegge, A. N., & Bhatt, D. L. (2014). A method for identifying and interpreting time-series pathway activity changes from gene expression data. Bioinformatics, 30(21), 3147–3154. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-Series Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/time-series-pathway-enrichment-analysis
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- Zeitreihen-RNA-seq-DifferentialexpressionBioinformatik↔ vergleichen
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