Netzwerkbasierte Analyse von Kopienzahlvariationen
Die netzwerkbasierte Analyse von Kopienzahlvariationen (CNV) integriert Genom-weite CNV-Daten mit biologischen Interaktionsnetzwerken – wie Protein-Protein-Interaktions- (PPI) oder Pathway-Netzwerken –, um funktionell kohärente Regionen, Treibergene und veränderte Subnetzwerke zu identifizieren, die eine reine CNV-Analyse allein übersehen würde. Durch die Ausbreitung von CNV-Signalen über den Netzwerk-Graphen deckt die Methode koordinierte genomische Dosisungleichgewichte auf, die auf gemeinsame biologische Funktionen konvergieren, was sie besonders leistungsfähig in der Krebsgenomik und bei Studien zu seltenen Erkrankungen macht.
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Quellen
- Vandin, F., Upfal, E., & Raphael, B. J. (2012). De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Research, 22(2), 375–385. DOI: 10.1101/gr.120477.111 ↗
- Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H.-T., Dobson, J. R., Eldridge, J. V., Thomas, J. L., Papoutsaki, A., Kim, Y., Niu, B., McLellan, M., Lawrence, M. S., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Cheng, Y., Ryslik, G. A., Lopez-Bigas, N., Getz, G., Ding, L., & Raphael, B. J. (2015). Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes. Nature Genetics, 47(2), 106–114. DOI: 10.1038/ng.3168 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Copy Number Variation Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/network-based-copy-number-variation-analysis
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