等位基因命名法和单倍型分析

药物基因并非仅由单个变异描述，而是通过已命名的单倍型——即共同遗传的变异组合——使用星号等位基因系统进行描述，其中参考等位基因是*1，每个已定义的变异单倍型都有自己的编号。这种共享的命名约定使得实验室、数据库和指南能够明确地指代相同的等位基因。本主题将探讨药物基因单倍型如何定义、命名并组装成二倍体型。

Definition

药物基因的等位基因命名法是对单倍型（即在同一染色体上共同遗传的序列变异集合）进行标准化命名，通常使用基因名称后跟一个星号和一个数字（星号等位基因）；单倍型分析是确定个体携带哪些单倍型的过程。

Scope

本主题涵盖星号等位基因（星号）命名法、单倍型作为一组共同遗传变异的概念、从基因型数据进行单倍型分析和确定二倍体型的过程，以及规范命名资源在保持等位基因定义一致性方面的作用。它是关于命名约定的参考材料，不提供特定药物的指导。

Core questions

• 什么是单倍型，它与单个变异有何不同？
• 星号等位基因系统如何命名药物基因单倍型？
• 如何从基因分型数据确定一个人的二倍体型？
• 为什么跨实验室和数据库需要共享的、规范的命名法？

Key concepts

• 单倍型（共同遗传的变异集合）
• 星号（星号）等位基因命名法
• 参考等位基因（*1）和已定义的变异等位基因
• 二倍体型（一对单倍型）
• 单倍型定相和二倍体型判定
• 规范的等位基因定义资源

Mechanisms

药物基因单倍型由一个或多个在染色体上共同遗传的序列变异定义；每个独特、公认的单倍型都被赋予一个星号等位基因标签，其中*1通常表示参考（正常功能）等位基因。确定个体的二倍体型意味着识别他们携带的两个单倍型，这需要解析哪些变异位于同一染色体上（定相）——当变异唯一地定义一个等位基因时，这很简单，但当必须同时考虑多个变异时，则更为复杂。规范数据库维护这些定义，以便相同的星号等位基因在所有使用它的地方都表示相同的变异集合，并且每个等位基因都可以与指定的功能相关联。

Clinical relevance

一致的等位基因命名法是代谢表型预测和基因-药物指南能够可重复应用的基础，因为表型判断取决于正确识别存在的单倍型。作为参考内容，本主题解释了命名和单倍型分析系统；它不提供处方说明，这些说明属于由合格临床医生应用的经过验证的临床指南。

Epidemiology

不同祖先群体中观察到的单倍型及其频率有所不同，某些星号等位基因在一个群体中常见，而在另一个群体中则罕见；全面的命名法资源旨在捕捉这种多样性，以确保单倍型分析在不同群体中都是准确的。

History

星号等位基因命名法起源于细胞色素P450酶，并通过专门的等位基因命名页面维持多年。2018年，人类CYP等位基因命名法的管理权移交给了药物基因变异（PharmVar）联盟，该联盟现在作为药物基因单倍型定义的中央、版本化存储库，与PharmGKB等知识资源协同工作。

Key figures

• Andrea Gaedigk
• Magnus Ingelman-Sundberg
• Teri Klein
• Michelle Whirl-Carrillo

Seminal works

• gaedigk-2017
• whirl-carrillo-2012

Frequently asked questions

CYP2C19*2这样的星号等位基因意味着什么？

它是一个已命名的单倍型：CYP2C19基因中一系列已编目、被赋予编号和功能的序列变异组合，允许实验室和指南一致地引用它。

为什么单倍型分析需要读取单个变异以外的信息？

因为等位基因是由在同一染色体上共同遗传的变异定义的，所以确定单倍型可能需要定相——找出存在的组合——而不仅仅是单独列出每个变异。