结果的解读与报告

解读和报告是将原始遗传数据转化为临床可用陈述的步骤。检测到的等位基因被命名，组合成一个双倍体型，并转化为预测的表型，例如代谢者类别；然后使用标准化术语在报告中传达该表型。由于不一致的措辞曾使药物基因组学报告难以比较和依循，因此共识术语和转化规则是本主题的核心。

Definition

药物基因组学结果的解读和报告是将检测到的等位基因转化为双倍体型和预测的药物反应表型，然后使用标准化、基于共识的术语在临床报告中传达该表型的过程。

Scope

本条目涵盖基因型到表型的转化、用于描述药物反应的标准化表型类别、临床药物基因组学结果的共识术语，以及标准化对于实验室和决策支持系统之间清晰度的重要性。它以CYP2D6的转化为例，说明了所涉及的复杂性。它是对解读和报告实践的参考性描述，而非针对任何特定结果采取行动的指南。

Core questions

• 基因型如何转化为预测表型？
• 哪些标准化术语描述药物反应表型，以及为什么它们被商定？
• 为什么一致的术语在不同实验室和系统之间很重要？
• 是什么使得CYP2D6等基因的转化特别复杂？

Key concepts

• 双倍体型组装
• 基因型到表型转化
• 代谢者表型类别
• 标准化结果术语
• 复杂基因的活性评分
• 报告的清晰度和可比性

Mechanisms

实验室检测到变异后，等位基因使用星号等位基因命名法进行命名，并组合成一个双倍体型（Gaedigk et al., 2017）。双倍体型使用共识转化规则映射到预测表型，通常表示为代谢者类别；对于CYP2D6等复杂基因，活性评分方法在分配表型之前会汇总每个等位基因的功能贡献（Caudle et al., 2019）。然后使用由联盟商定的标准化术语报告预测表型，以便无论哪个实验室，相同的基因型都能产生相同的描述性语言（Caudle et al., 2017）。标准化术语和转化规则允许下游决策支持系统一致地解读报告，并减少临床医生的歧义（Roden, 2019）。

Clinical relevance

清晰、标准化的解读使读者能够理解药物基因组学报告对预测药物反应的断言以及其置信度。理解基因型如何成为报告的表型是评估此类报告的一部分。本条目解释了报告过程和术语；它不解读任何个体结果，也不将表型转化为处方或剂量决策。

Evidence & guidelines

临床药物基因组学检测结果的共识术语由临床药物基因组学实施联盟（Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium）建立，以协调表型的报告方式（Caudle et al., 2017），CPIC和荷兰药物基因组学工作组（Dutch Pharmacogenetics Working Group）的联合建议标准化了CYP2D6的基因型到表型转化（Caudle et al., 2019）。支持这些转化的等位基因定义由药物基因变异联盟（Pharmacogene Variation Consortium）管理（Gaedigk et al., 2017）。这些是标准化框架，而非个性化的临床建议。

History

早期的药物基因组学报告在描述表型方面差异很大，这阻碍了比较和决策支持。为了解决这个问题，临床药物基因组学实施联盟于2017年发布了临床药物基因组学检测结果的共识术语（Caudle et al., 2017），随后与荷兰药物基因组学工作组的联合努力标准化了复杂基因CYP2D6的转化（Caudle et al., 2019）。这些努力建立在联盟管理的等位基因命名法（Gaedigk et al., 2017）之上，使得该领域的报告更加统一。

Debates

复杂基因表型类别的标准化

为CYP2D6等高度可变基因分配单一表型是困难的，活性评分阈值和表型边界的共识需要在主要框架之间进行明确的协调。

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

什么是代谢者表型？

它是一个预测类别，描述一个人根据其基因型预期如何处理某些药物，例如慢代谢者、中等代谢者、正常代谢者或超快代谢者；它是从遗传结果推导出的预测，而不是药物水平的直接测量。

为什么标准化术语很重要？

一致的术语确保相同的基因型在不同实验室和决策支持系统之间以相同的方式描述，从而减少歧义，并使报告更易于比较和适当采取行动。