遗传变异与突变类型
遗传变异是遗传和疾病的原材料：个体间DNA序列的差异，范围从单个碱基的变化到整个染色体片段的获得或丢失。本领域概述了按机制和规模划分的主要突变类型，从点突变到结构和拷贝数变化，以及用于临床描述和解释这些突变的惯例。
Definition
突变是基因组核苷酸序列中可遗传的变化；突变类型是根据其分子机制（例如，碱基替换、插入/缺失、重排）和规模（单核苷酸、外显子、基因、染色体片段）定义的此类变化的类别。
Scope
本领域旨在引导读者了解DNA序列变化是如何分类和命名的，并按分子规模和后果组织其主题：点突变和错义变异；无义突变和移码突变；剪接位点突变；染色体结构变异；以及拷贝数变异。它将这些视为医学遗传学中的参考概念以及用于描述它们的标准（HGVS命名法，ACMG/AMP解释），而非临床管理指南。
Sub-topics
Key concepts
- 点突变（替换）
- 插入和缺失（插入缺失）
- 阅读框和移码
- 编码与非编码变化
- 结构变异
- 拷贝数变异
- 从头发生与遗传变异
- 致病性和变异分类（ACMG/AMP）
- HGVS序列变异命名法
Mechanisms
突变源于DNA复制和修复、重组中的错误以及暴露于诱变剂。它们按规模分组：小规模序列变化（单碱基替换和小的插入或缺失）改变或移动密码子，并可能改变、截短或废除蛋白质；剪接位点变化扰乱定义外显子边界的信号；大规模结构变化（缺失、重复、倒位、易位）和拷贝数变异重组或改变较大基因组片段的剂量。解释给定变异是良性还是致病性取决于ACMG/AMP标准等标准化框架，而一致的描述则依赖于HGVS命名法。
Clinical relevance
突变类型决定了变异在临床遗传学中如何被调查和报告：小的序列变异、结构重排和拷贝数变化通过不同的检测方法检测，并根据不同的解释标准进行权衡。理解这些类别有助于批判性地阅读基因检测报告和文献；本领域描述了变异如何分类和命名，并非个体诊断或治疗决策的基础。
Evidence & guidelines
一致的变异描述遵循HGVS建议（den Dunnen et al., 2016），序列变异的临床解释广泛遵循ACMG/AMP共识框架（Richards et al., 2015），该框架将证据分为从良性到致病的五个等级。
Related topics
Seminal works
- richards-2015
- dendunnen-2016
- feuk-2006
Frequently asked questions
- 突变类型如何分类？
- 主要根据分子机制和规模：单碱基替换（包括错义和无义）、小的插入和缺失（可能导致移码）、剪接位点变化、较大的结构重排以及改变基因组片段剂量的拷贝数变异。
- 变异和突变有什么区别？
- 两者都指与参考序列的差异。目前的实践通常倾向于使用中性术语“变异”来指代任何此类差异，并将临床意义（从良性到致病性）保留给单独的、基于证据的分类步骤，例如ACMG/AMP框架。