基因型到表型转化

基因型到表型转化是将药物遗传学检测的原始结果转化为关于患者如何代谢药物的临床可解释性陈述的步骤。由星号等位基因组成的基因型首先被解析为双倍体型，然后映射到预测的表型，例如代谢能力差、中等、正常或超快代谢者。

Definition

基因型到表型转化是根据患者推断的功能性、功能减弱和无功能等位基因的双倍体型，通常通过汇总每个等位基因预测功能的活性评分，为患者分配预测的功能性表型（例如代谢状态）的过程。

Scope

本条目涵盖了将等位基因和双倍体型信息转换为预测表型类别的逻辑，活性评分在明确这种映射中的作用，以及用于报告结果的标准化术语。这是一个关于解释的方法论主题，而不是药物-基因剂量规则的目录。

Core questions

• 如何为单个星号等位基因分配功能状态？
• 如何将双倍体型组合成一个单一的预测表型？
• 活性评分代表什么，它在何时失效？
• 如何标准化结果术语，以便实验室一致地报告表型？

Key concepts

• 星号等位基因命名法
• 双倍体型
• 功能性、功能减弱和无功能等位基因
• 预测代谢者表型
• 活性评分
• 标准化结果术语

Key theories

活性评分模型

每个等位基因都被赋予一个反映其预测酶活性的数值；将两个等位基因的数值相加得到一个评分，该评分被映射到表型类别，使基因型到表型步骤明确且可重现。

Mechanisms

转化分阶段进行。基因分型识别出由PharmVar等位基因定义资源组织成星号等位基因的变异；每个等位基因都标注了功能状态。患者的两个等位基因形成一个双倍体型，预测功能被组合起来，通常通过一个活性评分，将每个等位基因的值相加得到总分。然后将该总分映射到表型类别。由于实验室历史上使用不同的类别标签，因此已开发出共识术语，以便相同的双倍体型在不同环境下产生相同的报告表型，并且经过整理的知识库提供了将等位基因与功能联系起来的证据。

Clinical relevance

可靠的表型分配是药物基因组学结果在研究和临床护理中如何解释和采取行动的基础，不一致的转化可能使相同的基因型看起来意味着不同的事物。本条目描述了解释方法和标准化术语；它不指定药物特异性行动或个体治疗决策。

Epidemiology

等位基因频率在不同人群中差异很大，因此预测表型类别的相对流行率因祖先而异；等位基因定义和频率资源记录了这种变异。

Evidence & guidelines

标准化转化基于PharmVar等位基因定义资源、临床药物遗传学实施联盟的共识结果术语，以及评估基础药物基因组学知识强度的框架。

History

星号等位基因命名法源于细胞色素P450遗传学，2008年的CYP2D6活性评分提供了一种透明的方式，将双倍体型归纳为表型类别。随后的共识努力使结果术语标准化，等位基因定义管理转移到专门的联盟，并增加了知识分级框架，以表明每种转化的支持程度。

Debates

表型类别应如何划定界限？

区分中等代谢者和正常代谢者的活性评分截止点，以及对功能不确定等位基因的处理，会影响双倍体型所获得的表型；在不同基因和实验室之间协调这些界限仍然是一项积极的标准化工作。

Key figures

• Andrea Gaedigk
• J. Steven Leeder
• Kelly Caudle
• Teri Klein
• Magnus Ingelman-Sundberg

Seminal works

• gaedigk2008
• caudle2017

Frequently asked questions

什么是活性评分？

它是一个通过将根据患者两个等位基因的预测酶功能分配给它们的值相加而形成的数字；总分然后被映射到表型类别，例如中等或正常代谢者。

为什么要标准化表型术语？

因为否则不同的实验室可能会用不同的标签报告相同的双倍体型，标准化的共识术语使药物基因组学结果在不同环境下具有可比性和可解释性。