एलीलिक नामकरण और हैप्लोटाइपिंग

फार्माकोजीन का वर्णन केवल एकल वेरिएंट द्वारा नहीं, बल्कि नामित हैप्लोटाइप्स द्वारा किया जाता है - वेरिएंट का संयोजन जो एक साथ विरासत में मिलते हैं - एक स्टार-एलील प्रणाली का उपयोग करके जिसमें संदर्भ एलील *1 होता है और प्रत्येक परिभाषित वेरिएंट हैप्लोटाइप को अपना नंबर मिलता है। यह साझा नामकरण परंपरा प्रयोगशालाओं, डेटाबेस और दिशानिर्देशों को एक ही एलील को स्पष्ट रूप से संदर्भित करने की अनुमति देती है। यह विषय बताता है कि फार्माकोजीन हैप्लोटाइप्स को कैसे परिभाषित किया जाता है, नाम दिया जाता है और डिप्लोटाइप्स में इकट्ठा किया जाता है।

Definition

फार्माकोजीन के लिए एलीलिक नामकरण हैप्लोटाइप्स का मानकीकृत नामकरण है - एक ही गुणसूत्र पर एक साथ विरासत में मिले अनुक्रम वेरिएंट के सेट - आमतौर पर एक जीन नाम के बाद एक तारांकन और एक संख्या (एक स्टार एलील) का उपयोग करके; हैप्लोटाइपिंग वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा यह निर्धारित किया जाता है कि एक व्यक्ति कौन से हैप्लोटाइप्स वहन करता है।

Scope

यह विषय स्टार-एलील (तारांकन) नामकरण, सह-विरासत में मिले वेरिएंट के एक सेट के रूप में हैप्लोटाइप की अवधारणा, जीनोटाइप डेटा से डिप्लोटाइप को हैप्लोटाइप करने और कॉल करने की प्रक्रिया, और एलील परिभाषाओं को सुसंगत रखने में क्यूरेटेड नामकरण संसाधनों की भूमिका को शामिल करता है। यह नामकरण परंपराओं पर संदर्भ सामग्री है और दवा-विशिष्ट मार्गदर्शन प्रदान नहीं करता है।

Core questions

• हैप्लोटाइप क्या है, और यह एकल वेरिएंट से कैसे भिन्न है?
• स्टार-एलील प्रणाली फार्माकोजीन हैप्लोटाइप्स का नाम कैसे रखती है?
• जीनोटाइपिंग डेटा से किसी व्यक्ति का डिप्लोटाइप कैसे निर्धारित किया जाता है?
• प्रयोगशालाओं और डेटाबेस में एक साझा, क्यूरेटेड नामकरण क्यों आवश्यक है?

Key concepts

• हैप्लोटाइप (वेरिएंट का सह-विरासत में मिला सेट)
• स्टार (तारांकन) एलील नामकरण
• संदर्भ एलील (*1) और परिभाषित वेरिएंट एलील
• डिप्लोटाइप (हैप्लोटाइप्स की जोड़ी)
• हैप्लोटाइप फेजिंग और डिप्लोटाइप कॉलिंग
• क्यूरेटेड एलील-परिभाषा संसाधन

Mechanisms

एक फार्माकोजीन हैप्लोटाइप को एक या एक से अधिक अनुक्रम वेरिएंट द्वारा परिभाषित किया जाता है जो एक गुणसूत्र पर एक साथ चलते हैं; प्रत्येक विशिष्ट, मान्यता प्राप्त हैप्लोटाइप को एक स्टार-एलील लेबल दिया जाता है, जिसमें *1 पारंपरिक रूप से संदर्भ (सामान्य-कार्य) एलील को दर्शाता है। एक व्यक्ति के डिप्लोटाइप का निर्धारण करने का अर्थ है उनके द्वारा वहन किए गए दो हैप्लोटाइप्स की पहचान करना, जिसके लिए यह तय करना आवश्यक है कि कौन से वेरिएंट एक ही गुणसूत्र पर स्थित हैं (फेजिंग) - यह तब सीधा होता है जब वेरिएंट विशिष्ट रूप से एक एलील को परिभाषित करते हैं, लेकिन जब कई वेरिएंट को एक साथ विचार करना होता है तो यह अधिक जटिल हो जाता है। क्यूरेटेड डेटाबेस परिभाषाओं को बनाए रखते हैं, ताकि वही स्टार एलील हर जगह उपयोग किए जाने पर वेरिएंट के एक ही सेट का अर्थ हो, और प्रत्येक एलील को एक निर्दिष्ट कार्य से जोड़ा जा सके।

Clinical relevance

सुसंगत एलील नामकरण वह आधार है जो मेटाबोलाइज़र-फेनोटाइप भविष्यवाणी और जीन-ड्रग दिशानिर्देशों को पुनरुत्पादित रूप से लागू करने की अनुमति देता है, क्योंकि एक फेनोटाइप कॉल मौजूद हैप्लोटाइप्स की सही पहचान पर निर्भर करता है। संदर्भ सामग्री के रूप में यह विषय नामकरण और हैप्लोटाइपिंग प्रणाली की व्याख्या करता है; यह नुस्खे के निर्देश नहीं देता है, जो योग्य चिकित्सकों द्वारा लागू मान्य नैदानिक दिशानिर्देशों से संबंधित हैं।

Epidemiology

देखे गए हैप्लोटाइप्स का सेट और उनकी आवृत्तियाँ पैतृक आबादी में भिन्न होती हैं, और कुछ स्टार एलील एक आबादी में सामान्य होते हैं जबकि दूसरे में दुर्लभ होते हैं; व्यापक नामकरण संसाधनों का उद्देश्य इस विविधता को पकड़ना है ताकि समूहों में हैप्लोटाइपिंग सटीक हो।

History

स्टार-एलील नामकरण साइटोक्रोम P450 एंजाइमों के साथ उत्पन्न हुआ और वर्षों तक समर्पित एलील-नामकरण पृष्ठों के माध्यम से बनाए रखा गया। 2018 में मानव CYP एलील नामकरण का प्रबंधन फार्माकोजीन वेरिएशन (PharmVar) कंसोर्टियम में चला गया, जो अब फार्माकोजीन हैप्लोटाइप परिभाषाओं के लिए एक केंद्रीय, संस्करणित भंडार के रूप में कार्य करता है, जो PharmGKB जैसे ज्ञान संसाधनों के साथ मिलकर काम करता है।

Key figures

• Andrea Gaedigk
• Magnus Ingelman-Sundberg
• Teri Klein
• Michelle Whirl-Carrillo

Seminal works

• gaedigk-2017
• whirl-carrillo-2012

Frequently asked questions

CYP2C19*2 जैसे स्टार एलील का क्या अर्थ है?

यह एक नामित हैप्लोटाइप है: CYP2C19 जीन में अनुक्रम वेरिएंट का एक परिभाषित संयोजन जिसे सूचीबद्ध किया गया है और एक संख्या और एक कार्य सौंपा गया है, जिससे प्रयोगशालाओं और दिशानिर्देशों को इसे लगातार संदर्भित करने की अनुमति मिलती है।

हैप्लोटाइपिंग को व्यक्तिगत वेरिएंट पढ़ने से अधिक की आवश्यकता क्यों होती है?

क्योंकि एक एलील को उन वेरिएंट द्वारा परिभाषित किया जाता है जो एक ही गुणसूत्र पर एक साथ विरासत में मिलते हैं, एक हैप्लोटाइप का निर्धारण करने के लिए फेजिंग की आवश्यकता हो सकती है - मौजूद संयोजन को हल करना - बजाय केवल प्रत्येक वेरिएंट को अलग से सूचीबद्ध करने के।